Музейное объединение Ненецкого автономного округа образовано 26 марта 2020 года. В него вошли Ненецкий краеведческий музей и на правах филиала музей-заповедник «Пустозерск».
Начало краеведческой работы в Ненецком округе положено 8 мая 1929 года, когда было организовано Окружное бюро краеведения (ОБК). Среди энтузиастов - Иван Выучейский, Николай Плетцов, Григорий Вербов. В приоритете – изучение языка и быта ненцев, природных богатств, хозяйства и способов его ведения. Эти знания были необходимы руководству региона для текущего и перспективного планирования.
Среди первых «древностей», собранных членами краеведческого общества, - «луки-самострелы, и тредулки-самопалки, кремневые моржовки, головные уборы и прочие разные принадлежности из украшений припечорских богачей».
Первая в истории региона выставка открылась 15 января 1933 года в ещё не достроенном Доме Ненца. Она отражала культурный и хозяйственный рост молодого национального округа. Её посетило свыше 5 тысяч человек.
Датой основания Ненецкого краеведческого музея считается 1934 год, когда музей получил помещение в Доме Ненца площадью 60 кв.м, где 6 сентября открылась выставка заполярного растениеводства. В то время его фонды насчитывали 316 единиц хранения. Музейная экспозиция рассказывала об основных отраслях народного хозяйства в округе: оленеводстве, рыболовном и пушном промыслах. Вся работа по организации музея, собиранию материалов, приёму посетителей проводилась силами одного сотрудника «в очень тяжёлых условиях, необорудованном холодном помещении».
Несмотря на все трудности, именно в это время закладывались основы коллекционной и источниковой базы музея, собирательской, хранительской, научно-исследовательской и просветительской деятельности.
В годы Великой Отечественной войны музей вёл активную просветительскую деятельность. Уже в конце июня 1941 года была открыта выставка «Дадим отпор немецко-фашистским захватчикам». В военный период музей ежегодно посещали до 3 тысяч человек.
В 1940-е годы фонды пополнились коллекцией минералов (дар Амдерминского рудоуправления) и образцами керамики с археологических памятников, обнаруженных геологом Г.А. Черновым.
Впервые раздел этнографии в экспозиции музея появляется в 1950-е гг. В 1959 г. открывается художественная выставка, где были выставлены 114 работ А. Рыбачук и В. Мельниченко.
В 1955 г. музей переехал в здание культпросветшколы (ул. Полярная, 9). Шесть лет спустя он возвращается в Дом Ненца. Тогда был разобран архив Пустозерской церкви, поступивший в конце 1930-х годов, и из округа вывезли наиболее ценные материалы и книги, в том числе один из первых экспонатов музея - берестяную книгу XVIII века.
В 1960-е годы оживилась научно-исследовательская деятельность. В приоритете - собирательская работа (комплектуются коллекции ненецкой этнографии, документов, фотографий). Стали практиковаться коллекционные выставки. В 1969 году музей переезжает в д.1 по ул. Тыко Вылко. Здесь экспозиция разместилась в шести залах.
В 1972 году сотрудники музея получили первый опыт участия в археологической экспедиции, обследовав памятник «Городище Пустозерск» под руководством А.В. Никитина. С 1980-х годов растёт число проводимых межрегиональных выставок. Широко стали демонстрироваться музейные коллекции и на селе – в год их проходило от 5 до 16.
С середины 1980-х годов музей становится культурным центром края, где собирается интеллигенция, проводятся дискуссии, пресс-конференции, научные семинары. В 90-е годы музей обрёл авторитет не только в округе и России, но и за рубежом. Он становится одним из организаторов научных конференций и конкурсов учебно-исследовательских работ. Научные сотрудники участвуют в естественнонаучных, этнографических и археологических экспедициях.
С начала 90-х годов музей приступает к выпуску краеведческой литературы: монографий, сборников, брошюр по различным аспектам истории, культуры и природы Ненецкого округа, издаёт более десяти каталогов музейных коллекций.
В 1996 году музей временно переезжает на третий этаж универмага. Собственное здание (ул. Победы, 5) он получит спустя 13 лет.
Сейчас в фондах Ненецкого краеведческого музея хранится более 41 тысячи предметов – этнографические коллекции ненецкого, коми, русского населения; художественные собрания; фото и документальные материалы по истории и культуре округа XIX – XX вв.; коллекции палеонтологии, геологии и археологии, старопечатной книги и другие. Сформирована уникальная научная библиотека, которая содержит свыше 7600 томов по краеведению.
В музее ведётся активная просветительская деятельность. Среди популярных проектов и образовательных программ: «Школа юного краеведа», «Рисуем в музее», «История освоения российской Арктики», «Родная старина», «В гостях у Авки», «Наш дом - Арктика» и др. Пользуются популярностью музейные праздники: «День птиц», «День моржа», «Под покровом любви», «В единстве народов - сила России» и др.
Пустозерский комплексный историко-природный музей был открыт 5 ноября 1991 года решением Ненецкого окрисполкома. В его состав вошли памятник археологии федерального значения «Городище Пустозерск» и мемориальная часть деревни Устье с архитектурными объектами.
В 1993 году у музея появилось своё собственное здание в Нарьян-Маре: двухэтажный деревянный, ранее жилой «Дом Шевелёвых», в 1933 году перевезённый в город из Пустозерска. С марта 2005 года в нём открыта постоянная экспозиция «Северный дом: его облик и душа», где в окружении стариной обстановки можно почувствовать неспешность и обстоятельность домашнего уклада пустозерцев.
В 2005 году музей получил статус юридического лица и был зарегистрирован как Окружное государственное учреждение «Музей истории и культуры Пустозерска», в 2010 году – переименован в историко-культурный и ландшафтный музей-заповедник «Пустозерск», а с декабря 2011 года - в Государственное бюджетное учреждение культуры «Историко-культурный и ландшафтный музей-заповедник «Пустозерск».
Сотрудники музея-заповедника ведут выставочную, лекционную, экскурсионную, научную деятельность, организуют конференции для учёных и встречи для потомков пустозёров. С подачи музея в округе проводятся Большие и Малые (школьные) Аввакумовские чтения, археологические экспедиции. С 1997 года музей-заповедник организует эколого-краеведческий палаточный лагерь в Пустозерске. Ведётся культурно-массовая работа, направленная на развитие интереса к истории родного края, к его традициям и обычаям. В 2012 году при музее была открыта Школа юного исследователя для работы со школьниками и студентами, а в 2015 году по субботам начал работать клуб для людей пожилого возраста «Знатоки Арктики».