О рыбных ресурсах Городецкого озера в начале XX века свидетельствуют данные Справочника по водным ресурсам СССР за 1934 год: «в Пустозерском озере ловятся щука весом до 12 кг, нельма – до 24 кг, налим – до 8 кг, чир – до 8 кг, сиг – до 2 кг, пелядь – до 4 кг, язь – до 1 кг и хариус – до 2,5 кг».
В настоящее время в водоемах музея-заповедника «Пустозерск» встречено 12 видов рыб (6 семейств). В Городецком озере обитают щука, окунь, язь, сорога, налим, а так же заходят сиг, пелядь, чир, нельма. В реках, Городецкая, Русская, Кубриха,впадающих в Городецкое озеро, водится хариус, на мелких озерах-карась.
Семейство лососевые Salmonidae
Размеры колеблются от нескольких сантиметров до 2-метров. Тело длинное, сжатое с боков, покрыто круглой или имеющей гребенчатый край циклоидной чешуёй. Брюшные плавники многолучевые (более 6 лучей), расположены в средней части брюха, грудные — низко-сидящие, в плавниках нет колючих лучей. Спинных плавников два — настоящий и жировой плавничок. Лососёвые — рыбы, легко изменяющие образ жизни, внешний вид, окраску в зависимости от внешних условий.
Европейский хариус (Thymallusthymallus)
Семейство сиговые Coregoniade
Рыбы средней величины или мелкие с несколько сжатым с боков телом, маленьким узким ртом, беззубым или вооруженным очень тонкими непостоянными зубами, чешуя, легко отпадающая средней величины, два спинных плавника — настоящий и жировой плавничок.
Обыкновенный сиг(Coregonuslavaretus)
Пелядь(Coregonuspeled)
Чир(Coregonusnasus)
Нельма(Stenodusleucichthys nelma)
Семейство Щуковые Esocidae
Хищные рыбы крупной и средней величины, тело удлинённое, покрыто мелкой чешуёй. Рот большой, рыло вытянутое, сплющено сверху вниз. На верхней челюсти иглоподобные зубы, направленные назад; на нижней челюсти зубы сильные, клыкообразные. Хвостовой плавник выемчатый.
Щука обыкновенная (Esox lucius)
Семейство Карповые Cyprinidae
Тело обыкновенно покрыто чешуёй, голова голая, край верхней челюсти образован межчелюстными костями, брюхо округлено, рот беззубый, но нижнеглоточные кости хорошо развиты. Питаются живой и мёртвой растительной и животной пищей. Зимой в основном прячутся на дне или зарываются в ил и впадают в зимнюю спячку
Язь (Leuciscusidus)
Плотва (сорога) (Rutilusrutilus)
Карась обыкновенный (Carassiuscarassius)
Семейство тресковые Gadidae
Тело удлинённое, покрытое мелкой циклоидной чешуей. Обычно два или три спинных плавника и один или два анальных. Хвостовой плавник хорошо развит. Брюшные плавники расположены примерно над грудными. Все плавники без колючих лучей. Жаберные отверстия большие. На подбородке обычно имеется непарный усик.
Налим (Lotalota)
Семейство окуневые Percidae
Хищные рыбы маленькой и средней величины, обитают в равнинных водоёмах. Спинной плавник у окуневых состоит из двух частей: колючей впереди и мягкоий сзади. Задний плавник содержит 1—3 колючки. На челюстях щетинковидные зубы. Чешуя ктеноидная.
Окунь обыкновенный(Percafluviatilis)
Ерш обыкновенный (Gymnocephaluscernuus)